Трифуновић је један од најпопуларнијих глумаца своје генерације из Србије. Студирао је глуму на Факултету драмских уметности, а на великом платну се први пут појавио 1995. у филму „Туђа Америка". Прославио се улогама у филмовима „Убиство с предумишљајем" „Стршљен", „Спаситељ", „Муње!", „Караула" и серији „Црни Груја".
Сергеј Трифуновић је рођен у 2. септембра 1972. године у Мостару породици глумца Томислава Трифуновића и правнице Слободанке. Његов млађи брат је глумац Бранислав Трифуновић. Отац Томислав је у својој каријери често селио, па је Сергеј живео у Мостару, Ужицу, Крушевцу и Београду.[2] Године 1990. се уписао на београдски Факултету драмских уметности у класи професора Владимира Јевтовића. Заједно са њим су студирали Наташа Нинковић, Војин Ћетковић и Небојша Глоговац.[1] Дипломирао је 1994. године.
Прву улогу на великом платну добио је у филму Горана Паскаљевића „Туђа Америка" из 1995. У том филму је тумачио улогу Лукаса, старијег Бајиног (Мики Манојловић) безобзирног сина који је једини успео да оствари амерички сан. Исте године Трифуновић се појавио у филму „Убиство са предумишљајем" Горчина Стојановића у ком је тумачио улогу Крсмана Јакшића, младог официра Озне из провинције, заљубљеног у Јелену, предратну госпођицу (Ана Софреновић) за коју мора да се бори против Јована (Драган Мићановић), уображеног сина Јелениног очуха, чијег су оца нове власти затвориле јер је био симпатизер монархије.
Трифуновић се појавио као специјални гост на албуму „Heart Core" поп групе Еве Браун у обради песме „Одведи ме из овог града", групе Филм).[3]
Година 1998. је била успешна за Трифуновића. Прво је у филму „Стршљен" Горчина Стојановића тумачио улогу Албанца Миљаима, плаћеног убицу који ради за албанску мафију и заљубљеног у Српкињу Адријану (Мирјана Јоковић). Потом је глумио и у српско-америчком филму „Спаситељ" редитеља Предрага Антонијевића заједно са Денисом Квејдом. У том филму је играо Горана, суровог војника Војске Републике Српске. Коначно, глумио је отмичара аутобуса у Паскаљевићевом филму „Буре барута".
Претходне улоге и добро знање енглеског језика су му донеле главну мушку улогу у француској драми „Љубавници" (Lovers) Жан-Марка Бара из 1999. у којој глуми Драгана, илегалног емигранта из Југославије заљубљеног у Францускињу коме прети депортација и улогу у америчком филму редитеља Лија Дејвиса и продуцента Спајка Лија „Три после поноћи" (3 AM) из 2001.[4] У филму Три после поноћи првобитно је требало да глуми Албанца, али је на његов захтев националност промењена, прво у муслимана, па касније у Србина из Мостара.[5] Биле су му понуђене улоге у филму „Љубав пре свега" (Birtday Girl) са Никол Кидман, коју је одбио због бомбардовања Југославије 1999. (та улога је касније припала Метјуу Касовицу) и у филму Bad Company (улогу добио Драган Мићановић) јер није био задовољан улогом.[2]
Године 2001. је глумио у популарној српској урбаној комедији „Муње!", Радивоја Андрића. Трифуновић је током 2002. служио војни рок у Петроварадину. После војске добио је улогу Црног Грује у истоименој српској серији, али није глумио у наставку серије „Црни Груја 2" јер је покушао да своју каријеру настави у Америци, па је улога припала Ненаду Јездићу. 2003. године је глумио у Андрићевом хиту „Кад порастем бићу Кенгур" и „Професионалцу" Душана Ковачевића.
У Америци је имао главну улогу у нискобуџетном америчком филму „Љубав" (Love) Владана Николића, у ком је играо Вању Новаковића, бившег специјалца ЈНА, који ради у Њујорку као плаћени убица и након једног неуспелог задатка узима за таоца своју бившу супругу. Улогу у филму Трифуновић је добио случајно, пошто је претходни глумац отказао учешће у филму[6]
У 2005. је глумио у високобуџетном филму „Караула" Рајка Грлића по роману Анте Томића „Ништа нас не смије изненадити" у копродукцији свих држава насталих од бивше СФРЈ. У филму играо је Љубу Пауновића, бунтовног војника који се услед сукоба са старешином Сафетом Пашићем (Емир Хаџихафизбеговић) постаје психопата. До краја године имао је споредне улоге у нискобуџетној домаћој драми „Апорија" Ариса Мовсесијана, босанско-хрватском-српском филму „Све џаба" Антонија Нуића и домаћем „Условна слобода" Мирослава Живановића.
У Америци Трифуновић је имао мале улоге у серији „Спавачка ћелија" (Sleeper Cell) о и филму „Next", у ком глуми терористу који покушава да убије главног протагонисту филма Криса Џонсона (Николас Кејџ).
У 2007. имао је споредну улогу у америчко-српском филму „Српски ожиљци" („Serbian Scars"). Трифуновић је желео улогу Гаврила у најскупљем српском филму свих времена „Свети Георгије убива аждаху", међутим, дошло је до „креативног размимоилажења" између њега и редитеља Срђана Драгојевића.
У међувремену је наставио да изграђује каријеру у Америци споредном улогом сина диктатора измишљене земље у филму „War Inc". Филм је углавном добио негативне критике. Крајем 2007. и почетком 2008. био је ангажован на снимању филма „Турнеја".