Njegov studentski film, "Gernika" snimljen prema noveli Antonija Isakovića, pobedio je na Festivalu studentskog filma u Karlovim Varima. Tokom studija režirao je i dva kratka filma: "Jedan deo istine" i "Jesen".
Po završetku studija Kusturica se vraća u zemlju gdje započinje profesionalnu karijeru na Televiziji Sarajevo. Njegov prvi film "Nevjeste dolaze", izazvao je dosta kontroverzi a potom bio i zabranjen zbog "eksplicitnog bavljenja seksualnim tabuima". Više sreće je imao sa narednim televizijskim filmom "Bife Titanik" zasnovanom na priči nobelovca Ive Andrića, za koji je osvojio nagradu za režiju na nacionalnom Televizijskom festivalu u Portorožu.
U dugometražnoj igranoj produkciji debitovao je filmom "Sjećaš li se Doli Bel", nastalom po scenariju Abdulaha Sidrana, 1981. godine. Za ovaj film Emir Kusturica je nagrađen Zlatnim lavom na Filmskom festivalu u Veneciji za najbolji debitantski film i nagradama FIPRESCI, AGIS i CIDLAC na Festivalu jugoslovenskog igranog filma u Puli 1981. godine. Svoj talenat pokazao je i u sljedećem filmu "Otac na službenom putu" (1985.), koji je radio sa istim scenaristom. Ovo ostvarenje Kusturici donosi Zlatnu palmu na Filmskom festivalu u Kanu i nominaciju za nagradu Američke filmske akademije "Oskar" za najbolji film sa neengleskog govornog područija.
Nagrađivan je i na domaćim festivalima: na Festivalu jugoslovenskog igranog filma u Puli, nagrađen je Zlatnom arenom za režiju i nagradom Jelen (1985) a međunarodna kritika dodijelila mu je Grand pri za najbolji film 1985. Godine 1989. Emir Kusturica je, ponovo na Filmskom festivalu u Kanu, nagrađen za režiju filma "Dom za vešanje" i specijalnom nagradom Roberto Roselini.
Emir Kusturica je predavao režiju na Akademiji scenskih umjetnosti u Sarajevu. Po odlasku iz BiH predaje na Univerzitetu "Kolumbija" u Njujorku. Jedan od njegovih američkih studenata, Dejvid Etkins (David Atkins), pokazao mu je scenario iz kojeg je nastao Kusturičin prvi film na engleskom jeziku, Arizona Dream (srp. Сан о Аризони) (1993), sa Fej Danavej, Džonijem Depom i Džerijem Luisom u glavnim ulogama. Film je nagrađen Srebrnim medvjedom i Posebnom nagradom žirija na Filmskom festivalu u Berlinu 1993. godine.
Naredni film, "Podzemlje" (eng. Underground) (1995), doneo je Emiru Kusturici drugu Zlatnu palmu na Filmskom festivalu u Kanu. Kusturica je koscenarista filma "Strategija svrake" (1987.), koji je režirao Zlatko Lavanić. Dobitnik je brojnih društvenih priznanja (Nagrade AVNOJ-a za 1989. godinu). U grupi "Zabranjeno pušenje" jedno vreme je svirao bas gitaru a sada kao gitarista zajedno nastupa kao član grupe "Emir Kusturica & the No Smoking Orchestra". Bavi se i pisanjem. Kusturica se u maju 2005. krstio u Srpskoj pravoslavnoj crkvi, kada je primio kršteno ime Nemanja.
2007. godine mu je dodeljen Orden viteza lepih umetnosti i književnosti, najviše francusko priznanje u oblasti kulture.
Filmografija Kratki film: Gernika (1978.) TV film: Nevjeste dolaze (1979.) Bife Titanik (1980.) Dugometražni filmovi: Sjećaš li se Doli Bel (1981.) Otac na službenom putu (1985.) Dom za vešanje (1988.) Arizona dream (1993.) Podzemlje - underground (1995.) Crna mačka beli mačor (1998.) Život je čudo (2004.) Zavet (2007.)
